en la parte de modificación de comprobantes aparece la opción para cargar el periodo cuando el comprobante les quede rechazado:
Ventas | Cuentas Corrientes | Modificación de Comprobantes
1. se modifica el comprobante,
2. selecciona el menu desplegable y
3. selecciona Comp. Electronico
Y en esa ventana emergente podes cargar el periodo que comienza el 01 del mes y tiene como fecha limite la fecha del talonario
Una vez que el comprobante tenga el periodo cargado ya podes obtener el CAE desde el administrador de comprobantes electrónicos